Theo Cục Khảo sát và Bản đồ của Malaysia, quốc gia này được tạo thành từ 878 hòn đảo. 394 hòn đảo trong số này thuộc bang Sabah. Đất nước này cũng có 510 khu vực địa lý ngoài khơi không được phân loại là đảo, chẳng hạn như các rặng núi, bãi cát hoặc bãi đá. Hầu hết các đảo ở bang Sabah được đặt tên, nhưng một số lượng đáng kể các đảo vẫn chưa được đặt tên.
Các quần đảo, đảo lớn của Malaysia
Đảo Borneo
Mặc dù đảo Borneo không hoàn toàn bị Malaysia chiếm đóng, nhưng đây là lãnh thổ lớn nhất trên một hòn đảo thuộc Malaysia. Khoảng 26% diện tích của hòn đảo bị chiếm đóng bởi hai bang Sabah và Sarawak của Malaysia. Chỉ có 1% diện tích đảo thuộc về quốc gia Brunei, trong khi phần còn lại của đảo Borneo là một phần của Indonesia.
Bang Sabah nằm trên phần phía bắc đảo, phía nam và phía tây nam giáp với Kalimantan của Indonesia và Sarawak của Malaysia. Bang Sarawak nằm ở phía tây bắc hòn đảo và tiếp giáp với Sabah và Kalimantan ở phía đông bắc và phía nam. Nhà nước độc lập Brunei giáp Sarawak ở phía bắc.
Đảo Sebatik
Giống như Borneo, đảo Sebatik cũng được chia sẻ bởi các thực thể chính trị khác nhau. Hòn đảo được chia thành các lãnh thổ của Indonesia và Malaysia. Hòn đảo này nằm cách bờ biển phía đông đảo Borneo khoảng 1 km và chiếm diện tích 452,2 km2. Khu vực phía bắc đảo Sabatik là một phần của bang Sabah của Malaysia và có dân số khoảng 25.000 người. Phần phía nam của hòn đảo là một phần của North Kalimantan, Indonesia và có dân số khoảng 80.000 người.
Đảo Banggi
Nằm gần vịnh Marudu và ngoài khơi bờ biển phía bắc Sabah, đảo Banggi là một hòn đảo của Malaysia. Đây là hòn đảo lớn nhất do Malaysia chiếm đóng độc quyền và chiếm diện tích 440,7 km2. Đảo có dân số 30.000 người.
Đảo Bruit
Nằm ở đồng bằng Rejang, đảo Bruit của Malaysia là một phần của bang Sarawak. Hòn đảo có dân số khoảng 30.000 người và là hòn đảo lớn thứ hai mà Malaysia hoàn toàn chiếm đóng. Hai điểm phà nối đảo với đất liền Malaysia và các đảo khác. Một số làng chài rải rác trên bờ biển Bruit, lớn nhất là Kampung Semop.
Quần đảo Langkawi
Langkawi là một quần đảo của Malaysia nằm ở biển Andaman, cách bờ biển lục địa Malaysia khoảng 30 km. Quần đảo Langkawi là một phần của bang Kedah của Malaysia. Hòn đảo lớn nhất trong quần đảo là đảo Langkawi, nơi có dân số 64.792 người. Trong số 99 hòn đảo của quần đảo, chỉ có bốn hòn đảo có người ở. Ngoài Langkawi, các hòn đảo có người ở khác bao gồm Dayang Bunting, Rebak và Tuba. Tổng dân số của quần đảo này là khoảng 99.000 người và là một điểm du lịch nổi tiếng với vô số các điểm tham quan tự nhiên và nhân tạo.
Đảo Penang
Với diện tích 293 km2, đảo Penang là hòn đảo lớn thứ tư do Malaysia chiếm đóng. Hòn đảo này là quê hương của George Town, thành phố đảo đông dân nhất và là thành phố đông dân thứ hai của Malaysia. Đảo có dân số khoảng 738.500 người và mật độ dân số khoảng 2.372 người/km2. Eo biển Penang ngăn cách hòn đảo với Bán đảo Malay.
Ngoài các hòn đảo được đề cập ở trên, Malaysia có một số hòn đảo có diện tích nhỏ hơn nhưng đáng chú ý bao gồm: Aman (Penang), Sipadan (Sabah), Malacca (Malacca) và Rawa (Johor).